5. Ratu Nilakendra (1551-1567 M), meninggalkan Pakuan karena serangan Hasanudin dan Maulana Yusuf
6. Raga Mulya (1567 – 1579 M), memerintah dari Pandeglang
Masa Keemasan Kerajaan Pajajaran dapat dicapai pada masa pemerintahan Sri Baduga Maharaja atau Prabu Siliwangi yang memerintah antara 1482-1521 M.
Pada masa pemerintahannya, kerajaan dalam keadaan teratur dan tenteram.
Tindakan pertama yang diambil setelah resmi menjadi raja adalah membebaskan penduduknya dari empat macam pajak.
Ketika memerintah, Prabu Siliwangi dikenal sebagai pemimpin yang memegang teguh asas kesetaraan dalam kehidupan sosial.
Prabu Siliwangi sempat tidak senang dengan hubungan Cirebon-Demak yang terlalu akrab, tetapi perselisihan mereka tidak berkembang ke arah ketegangan.
Menurut sumber Portugis, Kerajaan Pajajaran diperkirakan memiliki 100.000 prajurit dan 40 ekor pasukan gajah.
Prabu Siliwangi begitu mencurahkan perhatian pada pembinaan agama, pembuatan parit pertahanan, memperkuat angkatan perang, membuat jalan, dan menyusun formasi tempur di darat, tetapi angkatan lautnya terbilang lemah.
Kerajaan Pajajaran runtuh pada 1579 akibat serangan dari kerajaan Sunda lainnya, yaitu Kesultanan Banten.
Berakhirnya Pajajaran ditandai dengan diboyongnya Palangka Sriman Sriwacana (singgasana raja), dari Pakuan ke Surasowan di Banten oleh pasukan Maulana Yusuf.
Batu berukuran 200 x 160 x 20 cm itu diboyong karena tradisi politik agar di Pakuan tidak mungkin lagi dinobatkan raja baru.