Tapi hal ini ditolak dengan alasan pemerintah hanya menerima anggota APRIS yang memenuhi persyaratan.
Kahar Muzakkar melakukan pemberontakan sebanyak dua tahap.
Pada 1950 hingga 1952 merupakan tahap pemberontakan pertama.
Sedangkan 1953 hingga 1965 merupakan pemberontakan kedua.
Pada tahap pemberontakan pertama (1950-1952), Kahar Muzakkar dan kelompoknya, menggunakan Pancasila sebagai ideologi gerakannya.
Tidak hanya itu, pada saat yang bersamaan, ia menggalang massa untuk melakukan pemberontakan di tahap berikutnya.
Pada tahap pemberontakan kedua (1953-1965), ideologi berubah menjadi ideologi Islam atau yang dapat disebut sebagai Revolusi Islam.
Sebagai tindak lanjut atas aksi pemberontakan yang dilakukan Kahar Muzakkar, pemerintah pusat langsung mengirimkan operasi militer ke Sulawesi Selatan.
Sayangnya, operasi militer ini membutuhkan waktu yang lama.
Hingga pada akhirnya Februari 1965, Kahar Muzakkar ditembak mati, hal ini sekaligus mengakhir pemberontakan di Sulawesi Selatan.
Kabar kematian Kahar Muzakkar baru sampai di Jakarta pada 1965.
Hal ini lantaran lokasi tertembaknya Kahar sulit dijangkau.
Mayat Kahar kemudian dibawa ke Makassar.
Kolonel M. Jusuf yang ditugaskan memberantas pemberontakan ini memberikan kesempatan seluas-luasnya kepada masyarakat untuk menyaksikan jenazahnya.
Dia juga memastikan sendiri bahwa yang mati adalah benar Kahar Muzakkar.
Meski sudah dinyatakan tertembak mati, terdapat sebagian orang yang mempercayai bahwa Kahar Muzakkar belum mati.
Hal ini diperkuat karena masyarakat tidak mengetahui di mana keberadaan makam Kahar Muzakkar, pemerintah merahasiakan demi menghindari pemujaan terhadap Kahar Muzakkar.