Dengan demikian, pemerintah Belanda mendapat kembali wilayah Indonesia Timur secara de jure dan de facto.
Setelah penyerahan ini berlangsung, pemerintah Belanda, Gubernur Jenderal Hindia Belanda Hubertus van Mook menyimpulkan bahwa tidak mungkin untuk kembali ke status quo.
Van Mook pun mengusulkan pembentukan persemakmuran Indonesia yang terkait dengan mahkota Belanda.
Usulannya ini disetujui oleh Menteri Urusan Kolonial Belanda Johann Logemann dan diumumkan pada 10 Februari.
Pada Maret di tahun yang sama, terjadi negosiasi antara van Mook dengan Perdana Menteri Indonesia Sutan Sjahrir yang menghasilkan pengakuan kontrol de facto atas Jawa, Madura dan Sumatera, serta kedaulatan Belanda atas seluruh Indonesia.
Van Mook kemudian menjalin hubungan dengan para pemimpin Indonesia di luar Jawa, khususnya di Jawa Barat dan Indonesia Timur.
Setelah itu, dia memutuskan untuk melanjutkan upaya mendirikan Indonesia federal dengan mengadakan konferensi di Malino yang kemudian disebut Konferensi Malino.
Pada April 1946, van Mook mulai mendekati beberapa calon delegasi.
Mereka diminta untuk turut hadir dan berpartisipasi dalam konferensi guna membahas struktur pemerintahan di Indonesia bagian Timur.
Total ada 53 delegasi dan penasehat dari seluruh Indonesia bagian Timur, termasuk Kalimantan dan Papua Barat, serta Bangka Belitung.
Dalam konferensi yang dipimpin Gubernur Jenderal Hindia Belanda Van Mook dibentuk Komisariat Umum Pemerintah untuk Kalimantan dan Timur Besar.
Selain itu, diangkat pula Dewan Kepala-Kepala Departemen untuk urusan kenegaraan.