Lantaran Sultan Agung mengalami sakit keras, pemerintahan Mataram kemudian diurus oleh Tumenggung Wiraguna.
Sementara itu, ada riwayat yang menjelaskan bahwa Nyi Roro Kidul sudah meramalkan kematian Sultan Agung pada 1644.
Sejak saat itu, Sultan Agung merasa bahwa waktunya meninggal dunia sudah dekat.
Sebelum meninggal dunia, pada 1645, Sultan Agung memerintah untuk membangun sebuah tempat pemakaman baru.
Pemakaman baru tersebut berada di puncak bukit di Imogiri, sekitar 5 kilometer sebelah selatan Istana Mataram.
Sebelum meninggal dunia, Sultan Agung berwasiat supaya anak tertuanya, Pangeran Adipati Arya Mataram, meneruskan takhta Kesultanan Mataram.
Hingga akhirnya, Sultan Agung meninggal dunia pada 1646.
Tanda alam Kematian Sultan Agung meninggalkan duka mendalam bagi keluarga dan seluruh masyarakat Mataram.
Bahkan, alam ikut bersedih karena meninggalnya Sultan Agung.
Hal itu dibuktikan dengan melerusnya Gunung Merapi yang suaranya begitu menggelegar saat Sultan Agung meninggal dunia.