HB II ditangkap dan kemudian diasingkan ke Pulau Pinang hingga tahun 1815.
Setelah penyerahan kembali jajahan Belanda oleh Inggris pada tanggal 9 Agustus 1816, Belanda segera membahas posisi Sri Sultan Hamengku Buwono II yang dianggap sebagai ancaman besar.
Pada tangal 10 Januari 1817 HB II dibuang ke Ambon.
Sementara, selama kurun waktu tersebut berlangsung, di Yogyakarta sedang dilanda kondisi tidak menentu.
HB III meninggal, kemudian digantikan oleh putranya sebagai HB IV.
HB IV meninggal dan kemudian digantikan oleh putranya yang masih belia, HB V.
Saat itulah kemudian menyusul perlawanan terbesar sepanjang sejarah pemerintahan Kolonial Belanda, yang dipimpin oleh Pangeran Diponegoro.
Untuk menekan Pangeran Diponegoro, Belanda kemudian memanggil kembali HB II dan mengangkatnya kembali menjadi Sultan.
Ini kali ketiga dia menjadi penguasa Mataram Yogyakarta.
Pada periode kepemimpinannya yang ketiga ini, usia senja membuat kesehatan HB II menurun drastis.
Pada 3 Januari 1828, HB II meninggal dunia karena sakit dan dimakamkan di Kotagede.