Adapun NII didirikan Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo pada 7 Agustus 7 Agustus 1945.
Pendirian NII berangkat dari kekecawaan Kartosoewirjo terhadap pemerintah pusat yang mengakui Perjanjian Renville.
Sebetulnya, tudingan Ponpes Al-Zaytun terafiliasi dengan gerakan NII bukan kali ini terjadi.
Citra Ponpes Al-Zaytun sudah sejak lama melekat dengan jaringan NII.
Pada 2011, nama Panji santer dikaitkan dengan jaringan NII.
Ketika itu, nama Panji jadi perhatian khalayak setelah dilaporkan oleh Imam Supriyanto, salah satu pimpinan NII.
Panji dilaporkan karena telah membuat dokumen palsu Yayasan Pesantren Indonesia (YPI).
Pelaporan ini membuat nama Panji langsung "dikuliti".
Saat itu, publik langsung mengaitkan Panji dengan gerakan NII.
Diktuip dari pemberitaan Harian Kompas edisi 9 Mei 2011, aktivis NII tahun 1996-2001, Sukanto menyebut Panji merupakan imam NII Komendemen Wilayah (KW) 9 yang mencakup wilayah Jakarta, Bekasi, Tangerang, dan Banten.
Panji menerima tongkat kepemimpinan dari imam sebelumnya, yakni Adah Djaelani pada 1996.
Dalam perjalanannya, NII KW 9 yang dipimpin Panji memiliki program sendiri.