Panembahan Senopati meninggal pada tahun 1601 M dan digantikan oleh putranya yang bernama Mas Jolang atau Panembahan Seda Krapyak.
Ia melanjutkan perluasan wilayah dengan menaklukkan Madura dan Blambangan.
Kemudian juga memindahkan ibu kota dari Kotagede ke Krapyak.
Ia meninggal pada tahun 1613 M dan digantikan oleh putranya yang bernama Raden Mas Rangsang atau Sultan Agung.
Sultan Agung adalah raja terbesar dan terkuat dalam sejarah Mataram Islam2. Ia berhasil menyatukan hampir seluruh tanah Jawa di bawah kekuasaannya, kecuali Banten dan Batavia.
Ia juga melakukan reformasi administrasi, hukum, militer, budaya, dan agama2. Ia memindahkan ibu kota lagi dari Krapyak ke Plered dan kemudian ke Karta.
Sultan Agung juga dikenal sebagai raja yang religius dan mencintai seni.
Ia membangun masjid-masjid besar seperti Masjid Agung Demak dan Masjid Agung Mataram.
Juga menciptakan kalender Jawa yang masih digunakan sampai sekarang.
Kemudian mendukung perkembangan seni pertunjukan seperti wayang kulit dan gamelan.
Sultan Agung meninggal pada tahun 1645 M dan digantikan oleh putranya yang bernama Raden Mas Sayidin atau Amangkurat I.
Ia menghadapi banyak pemberontakan dari rakyat dan para bupati yang tidak puas dengan kebijakannya.
Hingga menghadapi serangan dari Trunojoyo, raja Madura yang didukung oleh Belanda.