Sultan Agung juga terus melakukan ekspansi wilayah dengan menaklukkan berbagai daerah di Jawa dan luar Jawa.
Selain mengendalikan makhluk gaib dan menyerang Belanda, Sultan Agung juga melakukan berbagai reformasi administrasi, militer, budaya, dan agama di kerajaannya.
Beliau membagi wilayah Mataram menjadi beberapa kadipaten yang dipimpin oleh adipati atau bupati yang bertanggung jawab kepada beliau.
Beliau juga mengatur sistem pajak dan upeti dari daerah-daerah yang ditaklukkannya.
Di bidang militer, Sultan Agung memperkuat angkatan perangnya dengan membentuk pasukan khusus yang disebut Prajurit Mataram.
Pasukan ini terdiri dari prajurit-prajurit pilihan yang dilatih secara ketat dan setia kepada Sultan Agung.
Pasukan ini juga dibekali dengan senjata-senjata modern seperti meriam, senapan api, dan tombak. Pasukan ini menjadi andalan Sultan Agung dalam menghadapi musuh-musuhnya.
Di bidang budaya, Sultan Agung mengembangkan berbagai karya seni dan sastra yang mencerminkan kejayaan Mataram.
Beliau mendirikan sebuah lembaga pendidikan yang disebut Perguruan Tinggi Islam (PTI) di Kotagede.
Di sini beliau mengajarkan ilmu-ilmu agama, filsafat, sastra, sejarah, dan bahasa. Beliau juga menciptakan karya-karya sastra seperti Serat Centhini, Serat Pararaton, Serat Babad Tanah Jawi, dan Serat Wulangreh.
Beliau juga mendukung perkembangan seni pertunjukan seperti wayang kulit, wayang krucil, tari topeng, dan gamelan.
Di bidang agama, Sultan Agung merupakan penguasa yang berusaha mengembangkan agama Islam di pulau Jawa.
Beliau mendapatkan pendidikan agama dari beberapa wali, terutama Sunan Kalijaga yang dijadikan guru dan penasehatnya.
Kemudian menjalin hubungan dengan ulama-ulama besar di Mekah untuk mendapatkan gelar sultan dari mereka.
Beliau juga membangun berbagai masjid dan pesantren di wilayah Mataram.
Salah satu masjid terbesar yang dibangun oleh beliau adalah Masjid Agung Demak yang menjadi pusat penyebaran Islam di Jawa Tengah.
Sultan Agung meninggal pada tahun 1645 dalam usia 52 tahun.
Beliau dimakamkan di Imogiri, Bantul, Yogyakarta. Makam beliau disebut sebagai makam ghaib karena konon berasal dari batu Makkah yang dibawa oleh Ratu Kidul.