Polisi Israel juga dilaporkan menggebuki jemaah dengan pentungan dan senapan.
Polisi Israel kemudian mengusir jemaah keluar kompleks masjid lalu mengawal warga Israel yang hendak masuk.
Selain itu, seorang lansia yang menjadi korban tindakan Israel mengaku sesak napas setelah insiden ini.
Ia terpaksa keluar masjid saat melakukan tadarus.
"Saya sedang duduk kursi bertadarus. Mereka melemparkan granat kejut, salah satunya mengenai dada saya," kata lansia tersebut dikutip Al Jazeera.
Alasan polisi Israel
Terkait penyerangan di Masjid Al Aqsa, polisi Israel beralasan bahwa pihaknya menangkapi warga Palestina yang dianggap sebagai perusuh.
"Pasukan memasuki al-Aqsa setelah ratusan perusuh dan penoda masjid (telah) membarikade diri mereka sendiri di dalamnya," kata polisi Israel dalam sebuah keterangan.
"Ketika polisi masuk, mereka dilempari batu, dan kembang api ditembakkan dari dalam masjid oleh sekelompok besar agitator."
Polisi Israel juga mengaku telah menangkap dan memindahkan lebih dari 350 orang di masjid, serta dua polisi Israel yang terluka.
Di sisi lain, Pasukan Pertahanan Israel (IDF) mengatakan, pada Rabu, sekitar 12 roket ditembakkan dari Jalur Gaza ke Israel setelah penyerangan tersebut.