Namun, ketika keluarga Kajoran terbukti mendukung pemberontakan Trunajaya pada tahun 1674, Amangkurat I terpaksa mencabut gelar putra mahkota (adipati anom) dari Pangeran Puger.
Gelar putra mahkota dikembalikan lagi kepada Raden Mas Rahmad.
Pada 1677 pemberontakan Trunojoyo mengalami puncaknya, Amangkurat I dan Raden Mas Rahmat memilih melarikan diri ke barat ke arah Tegal.
Ketika ayah dan kakaknya mengungsi, Pangeran Puger memutuskan tetap tinggal dan memilih mempertahankan Keraton Plered.
Dia ingin membuktikan bahwa tidak semua keluarga Kajoran terlibat dalam pemberontakan Trunojoyo.
Tapi apa mau dikata, Pangeran Puger tak bisa membendung pasukan Trunajaya, dan dia pun memilih menyingkir ke Desa Jenar.
Di sana Pangeran Puger mendirikan istana bernama Keraton Purwakanda dan mengankat dirinya sebagai Susuhunan ing Ngalaga atau Sunan Ngalaga.
Ketika Trunojoyo memutuskan kembali ke markasnya di Kediri, Pangeran Puger kembali ke Plered.
Dia menumpas sisa-sisa pengikut Trunojoyo yang masih ada di sana.
Di sana, Sunan Ngalaga atau Pangeran Puger mengangkat dirinya sebagai raja Mataram yang baru bergelar Pakubuwono I.
Di Tegal, Amangkurat I yang menghadapi ajal menunjuk Raden Mas Rahmat sebagai penggantinya dengan gelar Amangkurat II.
Amangkurat II awalnya raja tanpa istana karena Keraton Plered diduduki oleh adiknya, Pangeran Puger.