Masjid Istiqlal juga memiliki empat lantai balkon dan satu lantai dasar.
Kelima lantai tersebut melambangkan lima rukun Islam serta jumlah sila dalam Pancasila.
Untuk memasuki ruangan dalam masjid ada tujuh gerbang yang masing-masing diberi nama berdasarkan nama-nama Allah.
Tujuh juga melambangkan tujuh lapis langit dalam kosmologi alam semesta Islam serta jumlah hari dalam seminggu.
Ada dua bangunan masjid: bangunan utama dan pendamping yang berfungsi sebagai tempat tangga, ruang tambahan, dan pintu masuk Al Fattah.
Ada dua kubah juga, yakni kubah utama dan kubah pendamping.
Keduanya melambangkan angka “2”, yaitu dualisme yang saling berdampingan dan melengkapi.
Langit dan Bumi, dunia – akhirat, lahir – batin, serta hubungan penting bagi umat muslim yakni Hablum minallah (hubungan manusia dengan Tuhannya) dan Hablum minannnaas (hubungan manusia dengan sesamanya).
Dalam proses perancangan itu sendiri, Frederich Silaban mengalami konflik batin terkait statusnya sebagai seorang Kristen.
Namun, pada akhirnya status agama tidak menjadi ganjalan Silaban untuk andil dalam proyek besar bangsa.
Silaban menjawab tantangan Soekarno dengan bersungguh-sungguh dan berkonsentrasi mempelajari penugasannya.
"(Silaban) mendalami berbagai berbagai hal terkait ibadah umat Islam, termasuk kegiatan berwudu, shalat berjamaah, kiblat, dan berbagai ritual khusus yang diharapkan hadir di Masjid Istiqlal," tulis Setiadi Sopandi dalam bukunya Friedrich Silaban.