Tetapi, Yuan dikritik oleh pendukung pejabat kasim Wèi Zhōngxián, yang menyatakan bahwa dia membutuhkan waktu terlalu lama untuk melawan Manchu "barbar". Tak lama kemudian Yuan dipaksa pensiun.
Pada tahun 1628, di bawah pemerintahan baru, Yuan Chonghuan diangkat kembali sebagai komandan lapangan semua pasukan di Timur Laut.
Dia memulai rencana lima tahun yang ambisius untuk pemulihan penuh Liaodong.
Pada tahun 1629 Yuan diberikan gelar "Penjaga Senior dari Pewaris Yang Jelas". Kaisar Chongzhen memberinya Pedang Kekaisaran dan menyatakan bahwa dia akan sepenuhnya mendukung keputusan Yuan.
Yuan harus menghadapi lagi kekuatan Manchu, kali ini malah lebih besar dengan lebih dari 200.000 tentara di bawah Huang Taiji, putra dan penerus Nurhaci.
Manchu mengubah strategi mereka. Melewati Celah Jinzhou, Ningyuan, dan Shanhai, mereka menerobos Tembok Besar di sebelah barat Celah Shanhai dan mencapai utara Beijing pada musim dingin 1629.
Yuan bergegas kembali dengan pasukan elit dari Ningyuan untuk mempertahankan ibu kota. Dia mencapai Beijing hanya beberapa hari sebelum suku Manchu.
Di luar tembok kota Beijing, ia mengalahkan " Delapan Spanduk " Manchuria yang berjumlah sekitar 100.000 orang, tetapi gagal menghancurkan tentara Manchu.
Usai pertempuran itulah Yuan Chonghuan mendapatkan kritik habis-habisan, terlepas dari kenyataan bahwa ia mencegah Manchu bahkan mencapai tembok kota.
Beberapa kasim menuduh Yuan bekerja sama dengan musuh. Faktanya, mereka sebenarnya ditipu oleh Huang Taiji sehingga berpikir bahwa Yuan telah mengkhianati mereka.
Meskipun sedikit bukti, ia dituduh berkolusi dengan musuh dan dihukum mati dengan "mengiris perlahan " di Ganshiqiao, Beijing.