Tentara China menderita kekalahan berturut-turut dan pada 1622 mereka terpaksa mundur ke Shanhaiguan, meninggalkan semua Liaoning ke Manchu.
Setelah kunjungan ke garis depan, Yuan diangkat sebagai sekretaris kelas dua di Dewan Perang, kemudian segera dipromosikan menjadi sekretaris dan disuplai dengan dana untuk mendaftar pasukan.
Promosi cepat Yuan cukup menonjol karena dia tidak memiliki pelatihan militer formal sama sekali, kecuali mempelajari Konfusianisme klasik untuk lulus ujian kekaisaran.
Yuan Chonghuan bekerja secara harmonis dengan panglima tertinggi Sun Chengzong dan mendorong perbatasan terus ke utara, membentengi Ningyuan pada tahun 1623.
Awal tahun berikutnya, Nurhaci memimpin Manchu kembali menyeberangi Sungai Liao.
Yuan Chonghuan dan para wakilnya berhasil menahan Ningyuan dengan "meriam barbar merah" yang baru dipasang dan dimodifikasi, dan hanya 9.000 tentara (kebanyakan milisi) melawan 130.000 Nurhaci.
Kemenangan di Ningyuan mencegah China ditaklukkan dan meningkatkan harapan Ming dan sekutunya bahwa Manchu akan dikalahkan.
Sebagai hasil dari kemenangan itu, Pengadilan Kekaisaran di Beijing mengangkat Yuan sebagai Gubernur Liaodong pada tanggal 27 Februari 1626, dengan wewenang penuh untuk menangani semua pasukan di luar celah.
Selama waktu ini, dia mengeksekusi Mao Wenlong, seorang komandan Ming yang dianggap kejam tetapi berbakat.
Mengambil keuntungan dari kematian Nurhaci di akhir tahun, Yuan menduduki kembali Jinzhou.
Manchu muncul kembali pada bulan Juni dan mundur setelah serangkaian pertempuran yang tidak pasti.