Ia memberikan komentar, "Tujuan utama kita masih tetap mengendarai badai yang panjang dengan pengurangan staf diplomatik di dalam suatu upaya bertaruh untuk jangka panjang pasca Soekarno."
Pada 30 September 1965 PKI melancarkan kudeta yang mengakibatkan gugurnya enam jenderal Angkatan Darat.
Pangkostrad Mayor Jenderal Soeharto kemudian mengambil alih tongkat komando AD mengingat Jenderal Ahmad Yani diyakini telah diculik.
Soeharto segera mengambil tindakan cepat. Dalam sehari situasi telah dipulihkan.
Pada tanggal 2 Oktober Bung Karno menyiarkan ke seluruh negeri bahwa dia sendiri yang memegang komando AD.
Bung Karno juga telah mengangkat Jenderal Pranoto sebagai kepala administratif AD serta mengangkat Jenderal Soeharto untuk melakukan restorasi keamanan.
Lewat Surat Perintah 11 Maret, ia mengangkat Soeharto sebagai Panglima Kopkamtib yang bertugas mengembalikan keamanan dan ketertiban.
Sejalan tuntutan rakyat, PKI pun dibubarkan disusul penangkapan anggota-anggotanya yang ternyata berlangsung bertahun-tahun.
Sejarah telah membuktikan ketika tahun 1967 Bung Karno berpidato untuk menyampaikan pertanggungjawaban terhadap peristiwa 30 September di dalam sidang istimewa, pidatonya ditolak oleh MPRS.
Selanjutnya Jenderal Soeharto diangkat sebagai pejabat presiden yang dikukuhkan oleh MRPS bulan Maret 1968.
Selama pemerintahan Orde Baru kiprah Bung Karno makin surut, terkucilkan, dan kemudian jatuh sakit.
Bung Karno akhirnya wafat pada tanggal 21 Juni 1970 di Wisma Yaso, Jakarta. Jenazahnya dikebumikan di Kota Blitar, Jawa Timur.
Wafatnya Bung Karno dan hancurnya komunis (PKI) di Indonesia sebenarnya merupakan kemenangan AS dan sebaliknya merupakan kekalahan bagi Moskow (Rusia) .
Apalagi Presiden Soeharto yang kemudian berkuasa ternyata sangat pro AS dan juga anti-Soekarno.
Segala sesuatu yang berbau Rusia pun secara perlahan hilang dari Indonesia karena dianggap identik dengan PKI.
Potensi konflik antara AS dan Rusia yang bisa memicu PD III pun berpindah tempat yakni di kawasan Semenanjung Korea dan Timur Tengah.