Untuk mengusir Portugis dari Malaka, Sultan Iskandar Muda memperkuat angkatan perang Aceh, terutama angkatan laut.
Dirinya membangun angkatan perang dengan jalan mempersiapkan anggota-anggota tentara yang sudah dilatih sejak muda.
Musuh utama yang dihadapi Sultan Iskandar Muda adalah bangsa Portugis sejak 1511 sudah menguasai Malaka.
Keberadaan Portugis menjadi ancaman Aceh.
Sebaliknya, Portugis juga menganggap Aceh sebagai ancaman terhadap monopoli perdagangannya.
Untuk itu, keduanya sering terjadi bentrokan bersenjata.
Kapal Portugis yang berlayar di Selat Malaka sering diserang oleh armada Aceh.
Penegakkan Hukum
Iskandar muda berusaha menegakkan hukum secara keras, trutama berkaitan dengan pidana demi mengembalikan keberadaan hukum dan wibawa kesultanan.
Dia melanjutkan usaha sultan dua periode sebelumnya.