Pada 1526, Raden Samudera memindahkan rakyat Negara Daha ke Kuin, Banjarmasin, sebagai pusat pemerintahan dan mengukuhkan dirinya sebagai penguasa Kesultanan Banjar dengan gelar Sultan Suriansyah.
Sistem pemerintahan Kesultanan Banjar masih mengikuti Negara Daha, yang jabatan rajanya diturunkan kepada golongan tutus (keturunan raja), mengutip dari buku Ensiklopedia Kerajaan Islam di Indonesia, karya Binuko Amarseto (2017).
Jabatan tertinggi setelah raja, yaitu perdana menteri yang bergelar Mangkubumi, dtempati oleh golongan jaba (rakyat biasa yang berjasa besar terhadap kerajaan).
Mangkubumi dibantu oleh bawahannya dalam menjalankan tugasnya, yang terdiri dari penganan, pengiwa, gumpiran, dan panumping yang memiliki wewenang setara hakim dan jaksa.
Kemudian di bawahnya terdapat jabatan mantri bumi, 40 mantri sikap, dan beberapa jabatan lain yang berwenang dalam bidang perdagangan, seni, keagamaan, dan logistik.
Saudara raja boleh saja menjadi penguasa di daerah taklukan dengan gelar adipati, namun kekuasaannya berada di bawah Mangkubumi.
Pada dekade pertama abad ke-17, Kesultanan Banjar mengalami masa kejayaan.
Karena terjadi perang Makasar maka para pedagang dari Somba Opu, Kesultanan Gowa, pindah ke Banjarmasin hingga menjadi bandar perdagangan besar.
Komoditas perdagangan utama yang terjadi adalah lada hitam, madu, rotan, emas, intan, damar, dan kulit binatang.