Penasihat resmi Tutankhamun adalah Ay yang diyakini sebagai kakek Ankhesenamun, dan dengan penasihatnya serta Horemheb, panglima tentara, Tutankhamun membangun kembali kuil dan merenovasi istana lama.
Selama 10 tahun berikutnya, Tutankhamun memerintah Mesir dengan Ankhsenamun di sisinya.
Cinta abadi pasangan itu satu sama lain digambarkan dalam seni yang mengisi makam raja dengan emas dan diyakini bahwa mereka mengandung dua anak yang lahir prematur dan meninggal.
Tutankhamun meninggal pada 1327 SM ketika dia berusia 18 tahun (atau 19 tahun).
Menurut catatan, Ay kemudian mengambil peran tradisional sebagai penerus dalam menguburkan raja yang telah meninggal.
“Agar perannya diakui, janda raja (Ankhsenamun) harus ditunangkan secara seremonial dengannya untuk upacara pemakaman, dan sepertinya inilah yang terjadi. Ay dan Ankhsenamun memberi Tutankhamun upacara pemakaman Mesir yang layak tetapi tampaknya tidak benar-benar menikah. Namun, diasumsikan bahwa Ay, sebagai penerus, akan mengambil Ankhsenamun sebagai pengantin kerajaannya untuk melegitimasi pemerintahannya,” tulis Ensiklopedia Sejarah Kuno.
Ankhsenamun tidak ingin menikahi Ay, yang sudah tua dan mungkin kakeknya, jadi dia menulis surat kepada raja Het Suppiluliuma I untuk memberinya salah satu putranya untuk dinikahi.
Tetapi ketika Suppiluliuma mengirim putranya Zananza ke Mesir untuk menikahi Ankhsenamun, sang pangeran terbunuh sebelum mencapai perbatasan.
Terbunuhnya pangeran tersebut menggagalkan upaya Ankhsenamun yang belum pernah terjadi sebelumnya untuk menikahi seorang pangeran asing dan menjadikannya firaun.
Ankhsenamun menghilang dari sejarah setelah pembunuhan Zananza, yang mungkin dilakukan oleh Horemheb dan Ay.