Berbagai sumber juga mengatakan bahwa Akhenaten mungkin telah mencoba memperoleh anak dari dua kakak perempuan Ankhesenamun – Meritaten dan Meketaten – yang kedua diyakini telah meninggal saat melahirkan.
Ankhesenamun telah melalui dua ikatan pertunangan dengan ayah dan saudara tirinya Tutankhamun (juga dikenal sebagai Tutankhaten).
Namun, usahanya untuk menikahi orang asing dan menjadikannya firaun mungkin telah menyebabkan kejatuhannya, karena dia menghilang dari sejarah tepat setelah langkah yang gagal itu.
Ankhesenamun tumbuh sebagai anak sekaligus pengantin ayahnya dan kemudian tunangan saudara tirinya Tutankhamun.
Egyptologist Zahi Hawass mencatat bahwa: “kedua anak itu pasti tumbuh bersama dan mungkin bermain bersama di taman istana. Anak-anak kerajaan akan mendapat pelajaran dari guru dan ahli Taurat, yang akan memberi mereka instruksi dalam kebijaksanaan dan pengetahuan tentang agama baru Aten (50).”
Ayah Ankhesenamun, Akhenaten kemudian mendirikan agama kuasi-monoteistik di Mesir kuno.
Akhenaten, digambarkan oleh para arsiparis Mesir kuno sebagai "penjahat" atau "musuh", memaksakan satu tuhan pada orang Mesir dan ini melukai perasaan rakyat.