Di bawah Akhenaten, orang-orang yang biasa berdoa kepada dewa yang berbeda untuk alasan yang berbeda, diharuskan hanya menyembah Aten, dewa matahari raja.
Akhenaten juga memindahkan kursi kekuasaan dari istana tradisional di Thebes ke kompleks yang baru dibangun di kota yang ia dirikan – Akhetaten, yang kemudian dikenal sebagai Amarna.
Dipercaya bahwa di kompleks inilah dia menikahi Ankhesenamun dan mereka berdua menghasilkan putri mereka.
Namun sumber lain mengatakan Ankhesenpaaten Tasherit bukan anak Ankhesenamun tetapi anak dari Akhenaten dan istrinya yang lebih rendah Kiya, ibu Tutankhamun.
Setelah kematian Akhenaten pada 1336 SM, putranya Tutankhamun naik takhta, dengan Ankhesenamun sebagai istrinya.
Pasangan muda (Tutankhamun berusia 8 atau 9 tahun sementara Ankhsenamun berusia 13 tahun) menikah dalam pernikahan kerajaan.
Salah satu langkah pertama mereka untuk mengembalikan keseimbangan ke Mesir adalah mengubah nama mereka menjadi Tutankhamun dan Ankhsenamun.
Tak lama kemudian, mereka mengembalikan praktik keagamaan tradisional Mesir dan memindahkan pemerintah Mesir kembali ke kursi tradisional di Thebes dan Memphis.