Setelah serangan 11 September 2001, ketakutan bahwa teroris bisa mendapatkan senjata pemusnah massal meningkat.
Hal itu mendorong Pakistan mengambil tindakan terhadap Khan.
Khan lalu ditempatkan sebagai tahanan rumah dan bahkan dipaksa untuk membuat pengakuan di televisi.
Dia menjalani tahun-tahun yang tersisa di bawah tanah, tidak bebas atau benar-benar terbatas.
Walau begitu, dia masih dipuji sebagai pahlawan oleh publik Pakistan karena membawakan mereka bom.
Pada 10 Oktober 2021 kemarin, AQ Khan meninggal dunia pada usia 85 tahun.