Karena persiapan kurang, pemberontakan itu langsung ditumpas Belanda, dan melarang PKI.
Musso dan Alimin ditangkap Belanda kemudian dipenjara.
Setelah dipenjara 1935, Musso pergi ke Uni Soviet, dan sempat kembali tetapi diusir dan kembali ke Soviet 1936.
Hingga 1948 Musso kembali ke Indonesia melalui Yogyakarta, kembali melakukan pemberontakan lagi dengan militan PKI di Madiun 18 September 1948.
Pemberontakan PKI langsung direspon oleh militer Indonesia.
Pemberontakan gagal, ia terkepung dan ditembaki oleh TNI, Musso saat itu bersembunyi di kamar mandi umum.
Usai tewas, Musso dibawa ke RS Ponorogo dan diawetkan lalu dibakar secara diam-diam.