Sebuah perjanjian ditandatangani dengan Portugis dan Nzinga masuk Katolik, mengambil nama Dona Anna de Souza.
Namun, Portugis tidak pernah menghormati perjanjian itu, dan Raja Ngola Mbandi bunuh diri (beberapa catatan menyatakan bahwa Nzinga membunuh saudaranya sendiri). Nzinga menjadi Ratu Mbundu.
Dia menolak tuntutan Portugis untuk konsesi perdagangan budak dan menjelaskan bahwa rakyatnya tidak akan menyerah tanpa perlawanan.
Portugis menyerang dan membakar ibu kota kerajaan Mbundu, sehingga Nzinga dan rakyatnya terpaksa mundur.
Mereka pindah ke pegunungan di mana mereka mengatur ulang dan kembali membentuk pasukan.
Nzinga kemudian mendirikan sebuah kerajaan di dalam wilayah Matamba, di mana dia membentuk aliansi dengan suku-suku lain melawan Portugis dan menawarkan perlindungan bagi semua budak yang melarikan diri dan tentara Afrika yang dilatih oleh Portugis.
Pada 1641, Nzinga membentuk aliansi strategis dengan Belanda untuk melawan Portugis dan merebut Luanda.