Meski bukan pengklaim Laut China Selatan, Indonesia kerap berkonflik dengan China di sekitar Kepulauan Natuna yang berbatasan dengan Laut Timur.
Pada 2016 misalnya, Indonesia berkonflik dengan China terkait hak penangkapan ikan di Kepulauan Natuna.
Karena itu, pada 2017, Indonesia mengubah nama kepulauan itu menjadi Laut Natuna Utara.
Sebuah langkah yang dianggap sebagai langkah untuk membantah klaim sembilan garis putus-putus China.
Pada Desember 2019, China mengirimkan kapal nelayan dan kapal penjaga pantai ke perairan Kepulauan Natuna.
Menlu RI Marsudi pernah memanggil Dubes China di Jakarta untuk memprotes.
Indonesia juga mengerahkan banyak kapal perang dan jet tempur ke Kepulauan Natuna.
Tetapi kapal-kapal China tetap tidak mundur.
Setelah cekcok beberapa waktu, pada bulan Januari, Presiden Indonesia Joko Widodo mengunjungi Natuna dan baru kemudian kapal-kapal China mundur.
Saat ini TNI AL memiliki empat kapal perang di perairan nusantara ini.
TNI AU dan TNI angkatan laut juga ada yang ditempatkan di Natuna.
Namun, terlepas dari ketegangan baru-baru ini di Laut Cina Selatan, militer Indonesia belum memutuskan untuk mengerahkan lebih banyak pasukan ke Kepulauan Natuna.