Rupanya, perbedaan itu berasal dari sejarah penjajahan di pulau tersebut, yang juga terbagi menjadi dua kekuasaan.
Melansir abc.net.au, meski Papua Barat berbagi perbatasan dan etnisitas budaya dengan Papua Nugini, namun mereka dijajah oleh bangsa yang berbeda.
Papua Nugini dijajah oleh Inggris, sebelum pemerintahan Jerman dan Australia, sementara Papua Barat dijajah oleh Belanda.
Itulah yang menempatkan keduanya di jalur yang berbeda.
Pada tahun 1962, setelah menjadi sengketa dengan Belanda, penguasaan Papua Barat disepakati untuk dialihkan ke Indonesia dengan bantuan pemerintah Amerika Serikat
Keterlibatan Amerika Serikat juga sebagai bagian dari strategi Perang Dingin AS untuk menjauhkan Indonesia dari pengaruh Soviet.
Sebelum itu, Australia sempat mendukung tawaran untuk Kemerdekaan Papua Barat, tetapi mundur karena logika keamanan Perang Dingin.
Kemudian, setelah konflik yang hampir menimbulkan perang, Belanda dan Indonesia menandatangani Perjanjian New York.