Ketegangan di Papua telah lama terjadi sejak mereka masuk ke Indonesia tahun 1969 oleh Aksi Pilihan Bebas, proses yang dianggap sebagai penipuan oleh advokat kemerdekaan.
Pasalnya dari 1025 orang yang terpilih untuk memberikan suara dipilih oleh TNI yang di bawah komando Presiden Soeharto.
Tahun 2001, Otonomi Khusus diberikan ke Papua dan ke provinsi Papua Barat.
Otonomi Khusus memberikan administrasi lokal cara "mengatur kepentingan warga lokal" tapi tidak termasuk masalah terkait hubungan luar negeri, keamanan dan pertahanan, kebijakan moneter dan fiskal, agama dan keadilan.
Indonesia mengucurkan dana sejak 2002 total mencapai 9,5 miliar Dolar Australia (Rp 105 Triliun).
Namun Otonomi Khusus ditentang oleh pemimpin kemerdekaan Theys Eluay, yang kemudian dibunuh oleh pasukan khusus Indonesia, dan dengan Otonomi Khusus 20 tahun akan hangus November, pendukung kemerdekaan Papua telah lakukan unjuk rasa melawan perpanjangan Otonomi Khusus.
Mereka berargumen kebebasan politik telah diberangus pemerintah dan pemerintah tidak menawarkan prospek bagi Papua untuk memisahkan diri dari Indonesia.
TNI-Polri sendiri diberi waktu 6 bulan untuk mengejar 170 anggota KKB di Puncak, Intan Jaya, dan Nduga.