Meski begitu hasil jajak pendapat tetap dilangsungkan dan akhirnya hasilnya dibawa ke PBB.
Melansir Harian Kompas, Minggu (5/9/1999), akhirnya PBB mengumumkan hasil penentuan pendapat (jajak pendapat).
Sekjen PBB Kofi Annan di New York mengumumkannya pada Sabtu (4/9) pukul 08.00 WIB.
Dari sekitar 450.000 pemilih, 78,5 persen (344.580) warga Timor Timur memilih untuk menolak otonomi, dan sekitar 21 persen (94.388) memilih otonomi, sedangkan 7.985 suara (1,8 persen) dinyatakan tidak sah.
Menurut Kofi Annan, hasil itu menunjukkan bahwa penduduk Timtim menginginkan kemerdekaan.
Pada saat bersamaan, pengumuman itu juga dibacakan Ketua Unamet Ian Martin, di Dili, yang dialihbahasakan ke dalam bahasa Indonesia, Portugal, dan Tetum.
Kofi Annan dalam pidatonya meminta semua pihak menghentikan segala tindakan kekerasan yang selama 24 tahun mengakibatkan penderitaan di Timtim.
Suasana di Timtim ketika itu mencekam.
Di beberapa tempat, sebagian kecil penduduk sempat melontarkan kegembiraannya dengan berlarian ke jalan dan bersorak-sorai.