Kejadian itu menyebabkan alarm berbunyi di dekat reaktor nuklir Dimona.
Setelah diperiksa, IDF mengatakan rudal itu adalah roket permukaan-ke-udara Suriah dan meledak di wilayah Negev di selatan negara itu.
Tapi tidak ada laporan langsung tentang cedera atau kerusakan di Israel.
Radio Angkatan Darat Israel juga melaporkan sebuah rudal telah ditembakkan ke pesawat Israel selama serangan sebelumnya, dan melampaui targetnya.
Kejadian itu terjadi tak berapa lama setelah IDF memperingatkan bahwa alarm berbunyi di distrik Abu Qrenat Israel selatan dekat reaktor nuklir Dimona.
Seorang wartawan Reuters sekitar 90 km dari situs juga mendengar suara ledakan beberapa menit sebelum IDF memberi tahu penduduk melalui pesan teks.
Penduduk dari seluruh negeri, termasuk Israel tengah dan Yerusalem, melaporkan mendengar ledakan keras yang mengguncang rumah-rumah, menurut Jerusalem Post.
Fasilitas nuklir Dimona memang tidak terkena, menurut juru bicara militer Israel.
Tapi Israel tetap memperkuat pertahanan udara di sekitar reaktor Dimona dan pelabuhan Eilat di Laut Merah.
Dalam beberapa pekan terakhir, outlet media Israel mengkhawatirkan kemungkinan serangan rudal atau drone jarak jauh oleh pasukan Iran.
Itu terjadi setelah Iran dan Israel terlibat masalah mengenai program nuklir Teheran.