Pada tahun 2005, Nanggala menjadi ujung tombak sengketa Blok Ambalat yang kaya migas.
Dikutip dari Kompas.id, kala itu KRI Tedong Naga 819 menyerempet Kapal Diraja Rencong dari Malaysia di perairan Karang Unaran, Nunukan, Kaltim.
KD rencong beberapa kali melakukan manuver yang membahayakan mercusuar Karang Unarang.
KRI Nanggola-402 pun kemudian dioperasikan di kawasan tersebut dan menjadi ujung tombak sengketa Blok Ambalat sejak Mei 2002.
Tugas Nanggola adalah mengintai, menyusup, dan memburu sasaran-sasaran strategis.
Ada banyak misi rahasia yang diemban KRI Nanggala, sesuai dengan sifat kapal selam yang strategis, yaitu senyap dan tidak diketahui keberadaannya.