Angin kencang dan hujan lebat di malam hari menyebabkan bendungan meluap dan desa-desa terendam.
Hal ini memaksa ribuan orang mengungsi ke tempat pengungsian.
Di Timor Leste, sedikitnya 27 orang tewas, sebagian besar dari mereka berasal banyak ibu kota, Dili.
Sementara 7.000 orang terpaksa meninggalkan rumah mereka, kata para pejabat.
Dari sejumlah foto yang beredar di media sosial, terlihat bangunan di Dili runtuh, jalan rusak, dan warga berjalan di air berlumpur setinggi pinggang orang dewasa.
Pihak berwenang memperingatkan sebelumnya pada Senin, korban tewas dan jumlah korban luka-luka bisa terus meningkat.
"Di beberapa desa, banjir bandang terjadi saat orang-orang sedang tidur," kata Thomas Ola Langoday, wakil bupati pemerintah kabupaten Lembata, kepada Reuters.
Arus yang kuat terus mengalir melalui perairan dalam di desa-desa di kabupaten Malaka di pulau Timor pada hari Senin, meskipun hujan telah berhenti.
Beberapa warga mengaku naik ke atap rumah untuk berlindung dari air yang tingginya mencapai 3-4 meter.
“Kami harus membongkar atap seng."
"Kami keluar melalui pintu belakang dan berpegangan dengan tali,” kata Agustina Luruk (36) kepada Reuters saat dia dan ketiga putrinya menunggu untuk dievakuasi.