Namun setelah itu datanglah Anna Warouw, juga dari Minahasa, menuntut ilmu ke STOVIA.
Mereka menjadi teman dekat dan bahkan mereka dijuluki 'si Kembar'.
Marie Thomas juga bertemu Mohammad Yoesoef di STOVIA.
Mereka duduk bersama di kelas untuk waktu yang lama dan lulus pada waktu yang sama.
Pada tahun 1922, Marie Thomas menyelesaikan pendidikannya yang ditempuh selama sepuluh tahun.
Ketika lulus, dia dihormati dan dihujani dengan hadiah.
Dia bahkan berhasil masuk ke surat kabar Belanda: Rotterdamsche Nieuwsblad memanggilnya 'pelopor'.
Setelah lulus, Thomas bekerja sebagai pegawai pemerintah di Rumah Sakit Sipil Pusat (CBZ), rumah sakit besar di Batavia.
Marie Thomas juga merupakan seorang asisten dokter bernama Nicolaas JAF Boerma, dia mengkhususkan diri dalam bidang kebidanan, dan karenanya dapat dianggap sebagai ginekolog Indonesia pertama.