Kedua kecurigaan tersebut dikonfirmasi oleh kontak Sugihara dengan mata-mata Polandia, dan pengintaian terhadap pergerakan pasukan Nazi, terkadang dilakukan dengan menyamar sebagai piknik.
Lituania akan mengalami pendudukan ganda oleh Uni Soviet dan Nazi Jerman.
Tetapi selama hampir 10 bulan pada awal perang dunia kedua, Kaunas adalah ibu kota bebas dari Lituania yang merdeka, "Casablanca di utara", sarang mata-mata, serta surga bagi para pengungsi yang melarikan diri dari penjajah Soviet dan Nazi.
Dikirim ke Lituania untuk mengumpulkan intelijen, Sugihara mungkin tidak menawar sejumlah pengungsi yang tiba di gerbangnya pada tahun 1940. Setelah Uni Soviet menyerbu Lituania pada tanggal 15 Juni.
Para pengungsi berbondong-bondong ke konsulat Jepang dua lantai sederhana yang juga merupakan rumah bagi Sugihara, istrinya Yukiko, dua balita dan seorang bayi yang baru lahir.
Banyak dari mereka adalah orang Yahudi Polandia, yang tiba hanya beberapa bulan sebelumnya setelah invasi Soviet ke Polandia. Sekarang mereka mencari pelarian kedua.
Sugihara meminta instruksi dari kementerian luar negerinya di Tokyo. Dia diberitahu untuk tidak mengeluarkan visa kepada siapa pun tanpa surat-surat resmi, mengesampingkan hampir semua orang dalam antrian.
Membuat permintaan lagi ke Tokyo, dia diberitahu untuk tidak bertanya lagi. Dia memutuskan untuk mengeluarkan visa.
Selama enam minggu di bulan Juli dan Agustus, ia bekerja 18 jam sehari, akhirnya menulis dengan tangan 2.139 visa transit, sebuah rekor yang baru ditemukan bertahun-tahun kemudian di arsip kementerian luar negeri Jepang.