Müller menyelidiki dengan semangat sedemikian rupa sehingga ia dianugerahi dekorasi militer langka Salib Kesatria Perang Merit Cross dengan Pedang pada bulan Oktober 1944.
Setelah Berlin jatuh dan Jerman menyerah, mengingat senioritas Müller di rezim Nazi, ia menjadi target prioritas tinggi untuk ditangkap oleh intelijen Sekutu.
Terhambat oleh banyaknya Müller di Jerman, mengingat fakta bahwa itu adalah nama yang umum, tidak ada jejak 'Gestapo Müller' yang ditemukan oleh penyelidik Sekutu.
Tanpa petunjuk yang muncul, segera diterima bahwa Müller kemungkinan besar akan binasa di hari-hari terakhir perang.
Baru setelah penangkapan Adolf Eichmann di tahun 1960-an, minat tumbuh lagi tentang nasib Müller.
Eichmann mengipasi api dengan menyatakan kepada para penculik Israel bahwa dia yakin Müller masih hidup.
Jerman Barat mengambil tongkat dan mulai menyelidiki apa yang mungkin terjadi pada Müller.
Tidak seperti banyak Nazi yang melarikan diri ke Amerika Selatan, terutama ke Argentina, tidak ada bukti yang ditemukan bahwa Müller pergi ke arah itu.
Sekitar waktu yang sama, CIA membuka file kasus mereka sendiri tentang Müller dan pada awalnya dibantu oleh pembelotan ke Barat Michael Goleniewski, Wakil Kepala Kontra Intelijen Militer Polandia.