Dalam hal ini, PBB juga menuduh beberapa pejabat hingga jenderal Indonesia yang terlibat dalam pertumpahan darah di Timor Leste.
Diungkap Media Inggris The Guardian, tahun 2003, Jenderal Wiranto dianggap sebagai salah satu yang bertanggung jawab atas pertumpahan darah tersebut.
Dia didakwa oleh PBB bersama dengan enam jenderal lainnya, termasuk mantan gubernur Timor Letse Abilio Soares.
Namun, waktu itu Indonesia menolak menyerahkan salah satu terdakwa ke pengadilan di Dili, ibu kota Timor Leste.
Jakarta memilih menolak untuk menghormati surat perintah penangkapan PBB, dan mengatakan akan mengabaikan permintaan PBB tersebut.
"Dia (Jenderal Wiranto) adalah orang bebas. Mengapa mengambil tindakan?" kata Menteri Luar Negeri Indonesia kala itu, Hassan Wirayuda. "
"Siapa yang memberi mandat kepada (PBB) untuk mendakwa orang Indonesia, atas dasar apa, wewenang apa?" katanya.
PBB mengatakan dalam sebuah pernyataan, "Semua terdakwa telah dituduh melakukan kejahatan terhadap kemanusiaan karena pembunuhan, deportasi dan penganiayaan."
Kejahatan yang dituduhkan semuanya dilakukan sebagai bagian dari serangan yang meluas atau sistematis yang ditujukan terhadap penduduk sipil Timor Timur dan secara khusus menargetkan mereka yang diyakini sebagai pendukung kemerdekaan Timor Timur.