Ironisnya, tuduhan fundamentalisme komunis dan kecenderungan Maois yang digunakan oleh Indonesia untuk membenarkan invasi tersebut terwujud sebagai akibat dari invasi tersebut.
Dihadapkan pada pembersihan internal, program pendidikan ulang dan keadilan revolusioner ala Pengawal Merah, akhir tahun 1970-an adalah saat yang berbahaya untuk menjadi anggota Fretilin.
Pada tahun 1978, sebuah 'plot' terungkap setelah menteri dalam negeri Alarico Fernandes dikecam sebagai pengkhianat karena membelot ke Indonesia (yang lain berpendapat bahwa dia hanya ditangkap dan dipaksa untuk bekerja sama).
Apapun kebenarannya, ketika Horta kembali ke Mozambik pada tahun 1980, ia ditangkap sebagai kaki tangan Fernandes oleh Rogerio Lobato (yang telah menerima pelatihan dari Khmer Merah Kamboja yang terkenal) dan dijatuhi hukuman mati.
Sesaat sebelum eksekusinya, pejabat dari Frelimo Mozambik datang ke kedutaan de facto Fretilin di Maputo di mana mereka menghadapi orang Timor.
"Apa yang Anda lakukan adalah keputusan Anda. Anda berdaulat di sini, di gedung ini," agen Frelimo menjelaskan.
"Tapi jika Anda mengeksekusi Horta kami akan mengusir Anda, dan tidak ada orang lain di dunia ini yang akan menerima Anda atau memperhatikan apa pun yang Anda katakan. Dia adalah satu-satunya kredibilitas internasional yang Anda miliki," katanya
Berkat intervensi ini, Horta dibebaskan segera setelah itu dan dikirim kembali ke Washington, di mana dia pernah bekerja sebagai atase pers di kedutaan Mozambik.
Dalam peran inilah Horta membantu mendirikan lobi Mozambik pertama di ibu kota Amerika, serta mengatur kunjungan untuk pejabat tinggi Mozambik.