Di luar kehebatan teknisnya Cipularang juga menyimpan misteri. Ada banyak cerita misteri di baliknya. Ketik saja "misteri tol cipularang" di mesin pencari Google dan akan Anda temui ratusan ribu laman berkenaan soal itu. Meski bisa saja laman itu saling terkait, namun tetap saja meninggalkan kesan bahwa tol ini angker.Lepas dari keangkeran itu, tol Cipularang memang unik karena ia melintasi daerah yang patut diwaspadai. Seksi 2 di ruas Purwakarta - Plered, secara geologis berada di wilayah batuan sedimen.
Mulai sekitar Km 83 yang masuk kawasan Purwakarta Selatan hingga sekitar 7 km berikutnya ke arah Bandung, badan jalan harus melintasi dua wilayah batuan lempung, yaitu Batuan Lempung Subang dan Batuan Lempung Jatiluhur. Sedangkan selebihnya hingga ke Padalarang, berada di tanah batuan vulkanik.
Mendirikan suatu struktur bangunan di atas batuan sedimen yang terbentuk pada zaman tersier ini memang bukan perkara mudah. Umur batuan muda, sekitar lima juta tahun, membuat sifat pergeserannya tinggi alias gampang longsor. Longsoran-longsoran kecil bahkan sudah terjadi jauh sebelum pembangunan dilakukan. Masalah mulai timbul ketika batuan lempung yang dikupas kemudian terpapar udara atau air hujan. Kandungan mineral monmorilonit di dalam batuan akan mengembang.
Apalagi kadar monmorilonit di dua wilayah itu tergolong tinggi, bahkan di atas 50%. Batuan Lempung Subang dan Batuan Lempung Purwakarta seperti dibangkitkan dari tidur panjangnya.Sebenarnya, kondisi tadi bisa diantisipasi. Paling tidak, Dr. Imam Sadisun, geolog dari Institut Teknologi Bandung meyakinkan, antisipasi sang kontraktor (dalam hal ini PT Adhi Karya) terhadap ancaman longsor di Cipularang umumnya sudah baik. Ini sesuai dengan perencanaan awal proyek.
“Kita bisa melihat potongan lereng yang cukup landai di (wilayah) batuan lempung ini. Juga adanya treatment timbunan tanah, jaring-jaring, ditambah drainase. Jadi, secara teoritis aman-aman saja,” jelas Imam. Jika kebetulan melintasi Cipularang, kita dapat menyaksikan sendiri antisipasi yang dimaksud. Dari jalur A (ke arah Bandung) antisipasi itu berada di kanan jalan. Wilayah batuan sedimen yang dilintasi langsung badan jalan bahkan tidak terlalu panjang. Sekitar 800 m, antara Km 91 - 92, yang menghubungkan Desa Pasir Munjul, Kecamatan Sukatani, dengan Kecamatan Pasir Honje.