Tersangka kemudian dipindahkan ke lokasi penjara di seluruh Afghanistan dan Polandia di mana dia diinterogasi.
Pada Desember 2006, ia dipindahkan ke kamp penahanan Teluk Guantanamo di Kuba.
Dia segera mengaku sebagai dalang pemboman 9/11, termasuk sejumlah kejahatan lainnya - upaya pemboman melapisi seorang Inggris Richard Reid untuk meledakkan sebuah pesawat, pemboman klub malam Bali di Indonesia, pemboman World Trade Center 1993, serta pembunuhan Daniel Pearl.
Baca Juga: Serangan 9/11: Gedung Putih Selamat Berkat Aksi Heroik Penumpang
Pada Februari 2008, ia didakwa melakukan kejahatan perang dan pembunuhan oleh komisi militer AS di kamp penahanan Teluk Guantanamo, yang dapat membawa hukuman mati jika terbukti bersalah.