Ia lahir dari keluarga Shaoul Cohen yang pindah dari Suriah dan menetap di Mesir sejak 1914 atau sepuluh tahun sebelum Eli dilahirkan.
Sebagai orang yang tertarik pada dunia militer dan spionase, Eli remaja mendaftar menjadi tentara Mesir tahun 1947 atau setahun sebelum Perang Arab-Israel meletus.
Tetapi langkahnya terhenti karena ia tidak lulus akibat latar belakang kehidupannya terkorek saat wawancara.
Tak bisa dipungkiri, Eli punya silsilah darah Yahudi yang cukup menyulitkan dirinya untuk bisa berkiprah di Mesir kala itu.
Tidak salah kalau keluarganya pun berniat medidik Eli di rumah saja tanpa pendidikan formal.
Tapi Eli masih beruntung karena diterima masuk di sekolah elektronika, yang sebenarnya merupakan pilihan keduanya.
Jiwa Yahudi Cohen mulai terusik ketika upaya penyingkiran kaum Yahudi dari tanah Mesir makin memuncak di Mesir, terlebih setelah terjadi kudeta terhadap Raja Farouk.
Untuk melepaskan aspirasi jiwanya, sejak 1952 Eli Cohen mulai bergabung dengan organisasi-organisasi kaum Zionis di Mesir.
(Baca juga: Perang Enam Hari, Mengingat Kembali Sejarah Jatuhnya Yerusalem ke Tangan Israel)