Jane dan Hawking memiliki tiga orang anak dari pernikahan tersebut.
Dalam keterbatasan fisik, Hawking tetap berkarya dan semakin terkenal.
Masalah rumah tangga mereka mulai datang setelah Hawking makin terkenal dan penyakitnya makin parah.
Menurut Jane, pernikahan itu bukan terdiri dari dua orang, tapi dari empat figur, yaitu : Hawking, Jane, Fisika, dan Ketenaran.
Jane hanya ingin hidup bersama Hawking, tapi Hawking tidak pernah bisa memahami kondisi itu.
"Aku sangat lelah memahaminya. Dan aku juga lelah sekali mengurusnya, penyakitnya, ditambah semua sikapnya yang egois dan kekanak-kanakan," ungkap Jane.
Jane merasa dia bukan menjadi istri, tapi menjadi "budak" Hawking.
Saat itulah, Hawking dekat dengan salah seorang susternya bernama Elaine Mason.
Kondisi rumah tangganya dengan Jane memanas, Hawking pergi meninggalkan Jane bersama Mason pada tahun 1990.
Lima tahun kemudian, Hawking dan Mason menikah.