Jika dalam kondisi seperti itu kapal selam tetap dipaksakan berada di dalam laut lama kelamaan bisa karam.
Dalam perjalanan kembali ke Teluk Tobelo, Halmahera, dan berlayar di permukaan laut, posisi RI Nagabanda sebenarnya rawan oleh serangan kapal perang Belanda karena mudah dideteksi.
Tapi mujur perjalanan ke pangkalan tidak menemukan kendala dan berhasil tiba dengan selamat.
Setelah diperiksa akibat tekanan gelombang bom laut dalam dan juga tekanan air pada kedalaman ekstrem kapal ternyata mengalami kebocoran di dekat ruang baterai.
RI Nagabanda pun segera dibawa ke pangkalan pemeliharaan Bitung untuk perbaikan.
(Baca juga: Prajurit TNI Angkatan Laut, Naik Pangkat Bukannya Diberi Bingkisan Malah Disemprot Air)