Pasalnya ketika Soeharto selaku Pangkostrad melakukan tindakan berupa counter movement terhadap aksi G30S seharusnya sesuai izin KASAD dan kalaupun KASAD tidak ada, ia harus bertindak sesuai izin Presiden Soekarno selaku panglima tertinggi.
Namun Bung Karno yang saat itu masih punya banyak pendukung dari militer tidak melakukan tindakan apa-apa terhadap counter movement Soeharto karena khawatir akan terjadi perang saudara dalam skala besar.
Padahal para panglima dari AURI, Angkatan Laut (KKO), para Pangdam sebenarnya sudah siap menunggu perintah Soekarno guna menghentikan langkah Soeharto dan pasukannya dalam upaya melakukan pembersihan terhadap para pelaku G30S yang lebih mencerminkan aksi balas dendam itu.
Soeharto yang memiliki pengalaman saat melakukan aksi penumpasan pemberontakan PKI di Madiun rupanya sudah mempelajari karakter Bung Karno yang ternyata peragu, sementara aksi G30S hanya bisa diatasi secara militer akhirnya maju terus.
Soeharto bahkan berhasil mendapatkan Surat Peintah 11 Maret 1966 dari Bung Karno sehingga ia makin memiliki kekuasaan untuk melumpuhkan satuan-satuan TNI yang pro kepada Bung Karno, dan melakukan operasi penumpasan anggota PKI hingga ke akar-akarnya.
Meskipun Bung Karno telah mengalah dan bahkan akhirnya Soeharto berhasil menjadi Presiden RI kedua, apa yang ditakutkan ternyata terjadi.
Pasalnya operasi penumpasan terhadap orang-orang yang dituduh sebagai anggota PKI yang dilakukan secara membabi buta dan dipenuhi unsur balas dendam, menurut versi Komnas HAM, telah mengakibatkan korban tewas hingga ratusan ribu jiwa.
Jumlah itu belum termasuk tahanan politik yang jumlahnya puluhan ribu dan harus masuk penjara atau “dibuang” ke Pulau Buru tanpa melalui pengadilan resmi.