Pasalnya pemerintah Inggris segera turun tangan dengan mengirimkan pasukan Gurkha dari Singapura.
Berkat kemampuan tempur Gurkha yang sangat teruji para pemberontak TNKU segera bisa ditumpas dan banyak di antara para pemberontak yang selamat lari masuk hutan di Kalimantan Utara.
Pemberontak yang berhasil menyusup ke hutan serta merta menggalang dukungan dari penduduk setempat yang secara geografis wilayahnya ada yang masuk ke Indonesia.
Untuk menggalang dukungan gerilyawan TNKU tidak lagi ingin meruntuhkan pemerintahan monarki Brunei melainkan menyerukan ketidaksetujuannya terhadap pembentukan negara federasi Malaysia.
Perang gerilya pun makin berkecamuk dan pasukan Inggris yang sudah berhasil mengamankan Brunei merasa kewalahan ketika medan tempur meluas hingga wilayah Kalimantan Utara, Sabah, dan Sarawak.
Keadaan makin memanas karena pada tanggal 29 Agustus 1964 pembentukan negara Malaysia telah ditetapkan di Kuala Lumpur dan London.
(Baca juga: Bendera Indonesia Terbalik di Pembukaan SEA Games 2017, Menpora Malaysia: Sungguh Tiada Niat Jahat…)
Pengumuman yang dilakukan secara mendadak dan sepihak itu sangat mengejutkan karena tim pencari fakta PBB yang terdiri dari sembilan negara belum sempat meyelesaikan tugasnya.
Tim itu bahkan belum tiba di Kalimantan Utara tapi pengumuman berdirinya negara Malaysia ternyata telah berlangsung.
Pengumuman itu bagi Presiden Soekarno yang pernah menghadiri KTT di Manila dan membicarakan tentang berdirinya negara Malaysia tidak hanya melanggar kesepakatan KTT tapi juga menghina pribadi Soekarno.
Dalam kesepakatan KTT di Manila, Soekarno tidak menghalangi pembentukan negara federasi Malaysia asalkan diadakan jajak pendapat terlebih dahulu terhadap masyarakat yang tinggal di Kalimantan Utara.
Menyikapi pengumuman pembentukan negara Malaysia yang bersifat melecehkan kedaulatan Indonesia itu, Soekarno dan kabinetnya segera menempuh garis keras.