- Kuatnya persaingan di antara kongsi dagang
- Banyak biaya yang dikeluarkan untuk menumpas pemberontakan rakyat
- Peningkatan kebutuhan pegawai VOC.
Pada 1799, organisasi yang sudah banyak memberi keuntungan besar bagi Belanda, dan menimbulkan banyak korban di Indonesia, secara resmi dibubarkan.
Indonesia pada masa pemerintahan Herman Willem Daendels (1808-1811)
Pada 1808, Herman Willem Daendels diangkat menjadi Gubernur Jenderal di Indonesia, untuk mempertahankan Pulau Jawa dari Perancis. Pada masa pemerintahannya, dibangun Jalan Raya Pos (Grote Postweg) dari Anyer sampai Panarukan, dengan memaksa penguasa di Jawa untuk mengerahkan rakyat bekerja dalam proyek tersebut.
Kerja paksa yang sudah dijalankan oleh VOC tersebut kemudian diteruskan Daendels. Untuk membiayai proyek tersebut, rakyat dibebani pajak tertentu yang cukup besar. Dengan demikian, sistem wajib penyerahan model VOC diteruskan oleh Daendels.
Tanah milik rakyat yang produktif dijual kepada orang Belanda, China, dan Arab.
Dari cara itu, Daendels memperoleh uang untuk mempertahankan politiknya di Jawa, serta membangun pasukan sebesar 18 ribu orang (sebagian besar pribumi), benteng pertahanan, dan jaringan logistik lainnya
Indonesia pada masa pemerintahan Thomas Stamford Raffles (1811-1816)
Serangan terhadap kekuasaan imperium Perancis di Indonesia terbukti pada 1811. Ternyata perang antara Perancis (Belanda di pihak Perancis) dengan Inggris yang terjadi di Eropa, merembet ke Indonesia.
Pasukan Inggris yang sudah memiliki pangkalan dagang dan militer di Indonesia serta India, dengan mudah mengalahkan pasukan Perancis dan Belanda di Indonesia.