Dalam turnamen ini, Timnas Indonesia harus tersingkir dari babak grup setelah hanya mendapatkan satu poin setelah seri lawan Kuwait (2-2).
Dalam dua pertandingan selanjutnya, skuad besutan Danurwindo itu kalah dari Korea Selatan (2-4) dan Uni Emirat Arab (0-2).
Skuad Garuda melanjutkan kesuksesan lolos ke babak final Piala Asia edisi selanjutnya yang digelar pada tahun 2000 di Lebanon.
Timnas Indonesia lolos setelah menjadi Juara Grup 7 Kualifikasi Piala Asia 2000 yang diisi Hong Kong dan Kamboja dengan raihan 10 poin.
Namun, tim Merah Putih kembali tersingkir dari babak grup setelah hanya mendapatkan 1 poin saat seri lawan Kuwait (0-0).
Skuad Garuda kembali ke Tanah Air tanpa mencetak gol sama sekali dalam tiga pertandingan babak grup.
Timnas Indonesia berhasil lolos ke babak final Piala Asia 2004 yang diselenggarakan di China.
Timnas Indonesia lolos setelah menjadi runner-up Grup C Kualifikasi di bawah Saudi Arabia dengan raihan 10 poin.
Skuad besutan Ivan Kolev itu langsung membuat kejutan dengan meraih tiga poin pertama pada ajang Piala Asia setelah menang atas Qatar dengan skor 2-1.
Namun, Timnas Indonesia kembali gagal lolos ke babak selanjutnya setelah kalah dari China (0-5) dan Bahrain (1-3).
Partisipasi terakhir Timnas Indonesia terjadi pada edisi 2007 setelah ditunjuk menjadi tuan rumah Piala Asia.