Umar datang ke Indonesia sebelum abad ke-20 untuk mencari nafkah dan menyebarkan agama Islam.
Dia menetap di wilayah Ampel, bagian utara Kota Surabaya, yang memang menjadi tempat tinggal banyak keturunan Arab. Dia menikah dengan seorang wanita Surabaya bernama Noor binti Salim Makfud Baktir.
Dari pernikahan tersebut, dia memiliki seorang anak laki-laki yang menjadi ayah dari Abdurrahman Baswedan, yaitu Awad bin Umar bin Abubakar bin Mohammad bin Abdullah.