Pada akhir tahun 1990-an, Indonesia mengalami krisis ekonomi dan politik yang mengguncang rezim Orde Baru di bawah Presiden Soeharto. Hal ini membuka peluang bagi reformasi dan demokratisasi di Indonesia, termasuk penyelesaian masalah Timor Leste.
Pada 1998, Soeharto digantikan oleh B.J. Habibie, yang kemudian menawarkan otonomi khusus bagi Timor Leste dalam bingkai Indonesia. Namun, tawaran ini ditolak oleh sebagian besar pemimpin dan rakyat Timor Leste, yang tetap menginginkan kemerdekaan penuh.
Pada tahun 1999, dengan bantuan PBB, Indonesia dan Portugal menyepakati penyelenggaraan referendum di Timor Leste untuk menentukan masa depannya.
Referendum ini dilaksanakan pada tanggal 30 Agustus 1999 dengan partisipasi 98,6 persen dari pemilih yang terdaftar. Hasilnya, 78,5 persen pemilih menolak otonomi khusus dan memilih kemerdekaan dari Indonesia.
Namun, hasil referendum ini tidak diterima oleh kelompok-kelompok pro-Indonesia yang dibentuk oleh militer Indonesia, seperti Besi Merah Putih dan Aitarak. Mereka melakukan aksi kekerasan dan teror terhadap pendukung kemerdekaan.
Untuk menghentikan kekerasan ini, PBB mengirim pasukan perdamaian internasional yang dipimpin oleh Australia dengan nama INTERFET (International Force for East Timor) pada tanggal 20 September 1999. Pasukan ini berhasil mengamankan wilayah Timor Leste dan membantu proses transisi menuju kemerdekaan.
Pada tanggal 25 Oktober 1999, parlemen Indonesia secara resmi mencabut pencaplokan Timor Leste oleh Indonesia. Pada tanggal 30 Oktober 1999, PBB membentuk UNTAET (United Nations Transitional Administration in East Timor) untuk mengelola pemerintahan sementara di Timor Leste hingga kemerdekaannya.
Pada 2001, UNTAET menyelenggarakan pemilihan umum untuk membentuk Majelis Konstituante yang bertugas menyusun konstitusi baru untuk Timor Leste. Fretilin memenangkan pemilihan ini dengan mendapatkan mayoritas kursi. Pada tahun 2002, Majelis Konstituante menyelesaikan konstitusi baru dan mengubah namanya menjadi Majelis Nasional.
Pada 14 April 2002, Xanana Gusmão terpilih sebagai presiden pertama Timor Leste dalam pemilihan umum yang diawasi oleh PBB.
Pada 20 Mei 2002, Timor Leste secara resmi merdeka sebagai Republik Demokratik Timor Leste (RDTL) dengan nama resmi dalam bahasa Portugis: Republica Democratica de Timor Leste.
Baca Juga: Kenapa Mayor Alfredo Jadi Buronan? Simak Kisah Sosok Pemberontak Sekaligus Pahlawan Timor Leste Ini