11. Perak 10.000 meter SEA Games Filipina 2019
12. Perak lari 10.000 meter SEA Games Vietnam 2021
13. Emas lari maraton SEA Games Kamboja 2023
Adapun sepanjang karier atletik selain di SEA Games, berikut prestasi Agus Prayogo:
1. Emas 5.000 meter Pekan Olahraga Pelajar Nasional 2001
2. Emas 5.000 meter Asean School Thailand 2001
3. Emas 1.500 meter Asean School Thailand 2001
4. Emas 5.000 meter Asean School Brunei Darusalam 2002
5. Emas 5.000 meter Asean School Jakarta 2003
6. Emas 10.000 meter Asean School Jakarta 2003
7. Emas 5.000 meter Pekan Olahraga Pelajar Nasional 2003
8. Perunggu 5.000 meter PON Palembang 2004