Namun, Kompeni sudah memperkirakan segala kemungkinan yang terjadi apabila pasukan Mataram melakukan serangan.
Kompeni telah mengetahui persiapan Mataram dan tempat-tempat penyimpanan serta penimbunan padi dibakar.
Patroli di sepanjang pantai utara diperkuat dan kapal-kapal penyelidik bekerja keras untuk mengamati setiap gerakan pasukan Mataram.
Pintu-pintu penghubung rahasia antarbenteng dibuat untuk melarikan diri atau mendatangkan bantuan dari benteng lain apabila terjadi serangan mendadak dari pasukan Mataram.
Serangan Mataram pada September 1629 tidak berarti karena hanya serangan kecil. Kedua belah pihak sangat hati-hati dan saling memperhatikan gerak-gerik lawan.
Serangan besar terjadi pada 20 September 1629. Meriam-meriam Mataram berhasil merusak benteng Holland, tetapi prajurit Mataram tidak mendobrak dan menaiki benteng itu meskipun serdadu VOC yang bertahan sudah kehabisan peluru.
Kompeni kembali menggunakan strategi tinja untuk menyerang pasukan Mataram. Tinja-tinja itu dilemparkan ke arah pasukan Mataram dengan menggunakan meriam atau katapel.
Selain itu, Kompeni juga menggunakan senjata api dan tombak untuk menghalau pasukan Mataram.
Pasukan Mataram yang terkena tinja mengalami muntah-muntah dan jijik. Mereka juga takut terkena penyakit karena tinja itu bisa mengandung bakteri atau parasit.
Akibatnya, mereka mundur dan meninggalkan benteng Holland.
Serangan kedua Mataram pun berakhir dengan kegagalan. Pasukan Mataram mengalami banyak korban jiwa dan kekurangan logistik.
Mereka juga kehilangan semangat perang karena serangan tinja Kompeni yang membuat mereka merasa direndahkan.
Sultan Agung pun memerintahkan mundur dan kembali ke ibu kota Mataram.