Wiraguna pulalah yang intens memantau perilaku putra mahkota, Pangeran Aryo Mataram, yang kelak marak sebagai Amangkurat I sepeninggal Sultan Agung.
Wiraguna menduduki jabatan tertinggi di Mataram di dua era, masa Sultan Agung dan awal Amangkurat I.
Ia pun mengetahui dan memahami secara utuh drama melibatkan putra mahkota dan intrik adiknya, Pangeran Alit, yang berebut posisi.
Putra mahkota yang masih berusia 18 tahun rupanya menculik dan merudapaksa istri tercantik Tumenggung Wiraguna.
Kejadian itu dilaporkan kubu Pangeran Alit ke Sultan Agung, ayah mereka.
Harapan Pangeran Alit, status putra mahkota akan dicabut dari kakaknya, dan jatuh ke tangan dirinya. Rupanya Sultan Agung tidak mengubah keputusannya.
Versi lain menyebut Wiraguna-lah yang mengadukan perilaku sang putra mahkota ke Sultan Agung.
Pengaduan itu membuat raja murka dan mengurung diri selama berminggu-minggu.
Inilah bibit-bibit kebencian pada diri putra mahkota terhadap Wiraguna.
Sesudah masalah ini ditangani raja, Wiraguna mengeksekusi istri cantiknya yang telah dicemari sang pangeran dan dikembalikan pada dirinya.
Dua puluh abdi dalem putra mahkota yang turut membantu penculikan dihukum mati.
Beberapa tokoh senior yang terlibat persekongkolan putra mahkota dan adiknya ini juga dihukum berat.
Apakah yang dimaksud istri cantik Wiraguna ini ada kaitan dengan Roro Mendut, tidak ada sumber tertulis dan penulis sejarah yang menguatkannya.