Namun, pemerintahan mandirinya itu hanya berlangsung dua tahun karena ia tiba-tiba meninggal dunia pada tanggal 6 Desember 1823 saat sedang bertamasya.
Kematian Sultan Hamengkubuwono IV yang serba mendadak ini menimbulkan desas-desus bahwa ia tewas diracun ketika sedang bertamasya.
Desas-desus ini didasarkan pada beberapa hal.
Pertama, kematian Sultan Hamengkubuwono IV terjadi secara tiba-tiba tanpa gejala penyakit yang jelas.
Kedua, kematian Sultan Hamengkubuwono IV terjadi di tengah-tengah intrik keraton yang melibatkan beberapa pihak yang berkepentingan.
Ketiga, kematian Sultan Hamengkubuwono IV terjadi di saat Belanda sedang berusaha menguasai wilayah-wilayah keraton di Jawa.
Namun, desas-desus ini tidak pernah terbukti secara ilmiah.
Ia digantikan oleh putra mahkotanya yang baru berusia tiga tahun, Sultan Hamengkubuwono V.
Ia mendapat gelar anumerta Sinuhun Jarot, Seda Besiyar, yang berarti Yang Mulia Jarot, Meninggal dengan Banyak Kesedihan.