Amir yang dibantu Musso pun merencanakan sebuah strategi, di mana mereka akan menculik serta membunuh para tokoh di Surakarta.
Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur, RM Suryo.
Demi menghentikan kelanjutan pemberontakan tersebut, dilakukan operasi penumpasan yang dipimpin oleh Kolonel A.H. Nasution pada 20 September 1948.
Musso pun berhasil ditemukan dan ditembak mati, sedangkan Amir dan para tokoh komunis lainnya ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.
Meski begitu, pemberontakan PKI Madiun tidak menjadi akhir bagi partai ini, dukungan masih didapatkannya dari sebagian rakyat Indonesia.
Termasuk Partai yang Menduduki Posisi Teratas Pemilu 1955
PKI dikenal sebagai salah satu partai besar di Indonesia sebelum akhirnya dibubarkan.
Pada pemilu 1955, PKI menduduki tempat keempat dengan perolehan 16 persen dari keseluruhan suara yang ada.
Sementara itu, tiga teratas lainnya adalah Partai Nasional Indonesia (PNI), Masyumi, dan Nahdatul Ulama.
Berselang dua tahun setelah Pemilu pertama Indonesia tersebut, yaitu 1957, Partai Masyumi yang juga terlibat dalam pemilu 1955 menuntut agar PKI dilarang.
Tidak jauh dari peristiwa itu, dibentuklah Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) yang difungsikan untuk menangkap ribuan kader PKI di wilayah-wilayah yang mereka kuasai.
Mengetahui hal tersebut, Soekarno yang mendukung sayap kiri pun mengeluarkan Undang-undang Darurat. Pada 1960, Soekarno mencetus sebuah slogan bernama Nasakom yang berarti Nasionalisme, Agama, dan Komunisme.